De omgevingsvergunning wordt geregeld door verschillende decreten en besluiten. De inhoudelijke bepalingen inzake ruimtelijke ordening (zoals bv. de regels die een vergunningsplicht of meldingsplicht opleggen), blijven echter vervat in de Vlaamse Codex Ruimtelijke Ordening (VCRO). De inhoudelijke bepalingen inzake milieu, zijn vervat in titel IV en een nieuwe titel V van het DABM, Vlarem II en Vlarem III.
Vlarem II bevat voortaan ook de indelingslijst (bijlage 1) en de milieu-specifieke procedures zoals de evaluaties en de afwijkingsprocedure.
Het milieuvergunningendecreet en Vlarem I verdwijnen.

De volgende decreten en besluiten regelen de omgevingsvergunning.

• Decreet van 25 april 2014 betreffende de omgevingsvergunning (“omgevingsvergunningendecreet”) en latere wijzigingen: dit is een proceduredecreet dat de procedure regelt om een omgevingsvergunning te bekomen of te veranderen.
• VCRO vastgelegd bij besluit van 15 mei 2009 van de Vlaamse regering houdende coördinatie van de decreetgeving op de ruimtelijke ordening en latere wijzigingen: de procedures worden geschrapt, want dit wordt geregeld in het omgevingsvergunningendecreet. De overige bepalingen blijven behouden.
• DABM (decreet van 5 april 1995 houdende algemene bepalingen inzake milieubeleid) en latere wijzigingen.
• Besluit van de Vlaamse Regering van 13 februari 2015 tot aanwijzing van de Vlaamse en provinciale projecten in uitvoering van het decreet van 25 april 2014 betreffende de omgevingsvergunning.
• Besluit van de Vlaamse Regering van 27 november 2015 tot uitvoering van het decreet van 25 april 2014 betreffende de omgevingsvergunning (“uitvoeringsbesluit”) en latere wijzigingen.
• Besluit van de Vlaamse Regering van 1 juni 1995 houdende algemene en sectorale bepalingen inzake milieuhygiëne (Vlarem II) en latere wijzigingen, met daarbij voortaan ook de indelingslijst als bijlage 1.
• Besluit van de Vlaamse Regering van 16 mei 2014 houdende bijkomende algemene en sectorale milieuvoorwaarden voor GPBV-installaties (Vlarem III).
• Besluit van de Vlaamse Regering van 14 april 2000 tot bepaling van de vergunningsplichtige functiewijzigingen.
• Besluit van de Vlaamse Regering van 10 december 2004 houdende vaststelling van de categorieën van projecten onderworpen aan milieueffectrapportage, en latere wijzigingen.
• Decreet van 21 oktober 1997 betreffende het natuurbehoud en het natuurlijk milieu, en latere wijzigingen.
• Decreet van 18 juli 2003 betreffende het integraal waterbeleid, inzonderheid artikel 8, en het besluit van de Vlaamse regering van 20 juli 2006 tot vaststelling van nadere regels voor de toepassing van de watertoets, en latere wijzigingen.
• Decreet van 3 februari 2017 houdende de nadere regels tot implementatie van de omgevingsvergunning.

Ook de natuurvergunning (wijziging vegetatie) en de socio-economische vergunning zijn sedert 1 augustus 2018 geïntegreerd in de omgevingsvergunning.